●スーファミ版からPS2版へリメークされた時は、追加、変更要素が多々ありましたが、ＤＳ版へのリメークはそれに比べ少なめに。そのＤＳ版の変更点をいくつかピックアップ。
●モンスター
・ベビーパンサーが出現しなくなり、かわりにプリズニャンがNo.15として追加される。
・No.91のがったいスライムがモンスター図鑑から削除。No.92だったキングスライムがNo.91となり、No.93の炎の戦士以降は一つずつNo.が繰り上がっている。
・No.161にアークデーモンが追加。封印の洞窟に出現。No.162以降はPS2版と同じに。
●仲間キャラクター
・ヘンリーが装備可能だった以下の８つがＤＳ版では不可能に。
まどろみの剣、はがねの鎧、銀の胸当て、シルバーメイル、戦士のパジャマ、ドラゴンメイル、星降る腕輪、エルフのお守り
・花嫁候補としてデボラが登場。能力、装備アイテムの違いはあるが、テルパドールなどルドマンからアイテムを貰うイベントはフローラと変わらない。
・ビアンカの青年時代の初期レベルが変更。
PS2…子供時代レベル８以下→レベル１０
レベル９以上→レベル＋２
ＤＳ…子供時代のレベル＋１０
・フローラの初期能力がアップ。PS2版ではレベル１だがＤＳ版ではレベル８に。
・しびれくらげの初期レベルが１→４に。
・呪文、特技の習得レベル変更
スライム
メダパニ…レベル20→22
イエティ
マヒャド…レベル32→30
ビックアイ
ベホマ…レベル15→16
アームライオン
ルカナン…レベル12→9
ちからため…レベル9→12
ネーレウス
いなづま…40→45
ザイル
ホイミ…3→1
・仲間モンスターにプリズニャン、アークデーモンが追加。
・プリズニャンはキラーパンサー同様、Ａグループ、アークデーモンはギガンテスらのＣグループと装備が同じに。またお化けキャンドルがパペットマンらＪグループに属し、装備可能アイテムが変更になった。
●呪文
・パルプンテの効果が28種類から25種類に。削除されたのは以下の４つ。
○音がだんだん大きくなり、敵が逃げだす
○時間がとまる
○敵全員がメタルスライムに
○馬車の仲間が攻撃
追加されたのは
○時の砂の効果
のみ。
また
○全員マヒ
は敵モンスター使用の際は発生しなくなり
○全て会心
の効果は敵モンスター使用時も発生（つまり痛恨の一撃）するように。
●アイテム
・デボラの追加によりデボラ専用の以下のアイテムが追加
シャイニーネイル（デボラ初期）、ダイヤモンドネイル（天空への塔に新たに追加）、シルクワンピース（デボラ初期）、フラワーパラソル（テルパドールの店に追加）
・時の砂が追加。
・世界樹のしずくの売値が４Ｇ→５Ｇに。
・イブールの本の売値が3000Ｇ→4000Ｇに。
・モンスターボックスがなくなり、かわりにモンスター図鑑になる。
・氷の刃の使用効果がバギマからヒャダルコに。
●その他 いろいろ
・ＡＩ行動で、PS2版では使われたが、ＤＳ版では使われなくなった呪文、特技
…ニフラム、眠り攻撃、毒攻撃、マヒ攻撃、毒の息
・同様に使わなくなったアイテム
…天空の剣、ストロスの杖、ふうじんの盾、ダークシールド、安眠枕。戦いのドラム、コワモテかかし
・名産品のポイントが一新された。またすれ違い通信による、オリジナル名産品交換が追加。
・サラボナのルドマン宅にスライムタッチが設置。
・暗黒の双六場のゴール景品が、力の種から時の砂に変更。
・暗黒の双六場の双六ダンジョンの一つの宿屋の料金が250Ｇから200Ｇに、謎の双六場の双六ダンジョンの宿屋の料金が250Ｇから500に変更。
・双六場に「サイコロ操作マス」追加。
・謎の双六場のマスの数値の一部が変更。（例－2000Ｇ→－3000Ｇ）
・モンスター預かり所の定員がPS2版の195（プチターク、プオーン、キラーパンサー、ザイルは別枠で＋4）から76（同別枠＋4）に変更。
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